Genomics · Mass Spectrometry · Assay Design

ศูนย์รวมเครื่องมือ
สำหรับงาน MassARRAY

Precision tooling for multiplex genotyping workflows

รวบรวมเครื่องมือที่ใช้ออกแบบและตรวจสอบ assay ไว้ในที่เดียว ตั้งแต่การตรวจเช็คค่า m/z และปรับ TAG ไปจนถึงการจัดรูปแบบลำดับเบสก่อนทำ alignment

m/z verification TAG adjustment FASTA formatting SNP assay design

PORTALSเลือกพอร์ทัลที่ต้องการใช้งาน

แต่ละเครื่องมือเปิดเป็นหน้าแยกอิสระ เลือกตามขั้นตอนที่คุณกำลังทำอยู่

Mass Optimizer

m/z checker & TAG tuner

ตรวจเช็คค่า m/z ของ primer และผลิตภัณฑ์ใน assay MassARRAY พร้อมปรับ TAG เพื่อให้ความต่างของมวลระหว่างแต่ละ assay เหมาะสมต่อการอ่านผล

  • ตรวจเช็คค่า m/z ของ unextended primer และ extension product
  • ปรับ TAG เพื่อแยกตำแหน่งพีคไม่ให้ซ้อนทับกัน
  • ช่วยตรวจ assay ก่อนสั่งสังเคราะห์ ลดโอกาสต้องออกแบบใหม่
เข้าสู่ Mass Optimizer

Alignment

sequence formatter for alignment

จัดรูปแบบลำดับเบสให้พร้อมสำหรับการทำ alignment โดยเฉพาะ เพื่อนำไปใช้ได้ทันทีบนสาย NC

  • จัดรูปแบบลำดับเบสให้สม่ำเสมอ พร้อมใช้กับขั้นตอน alignment
  • เตรียมข้อมูลเท่านั้น การจัดเรียงจริงทำในเครื่องมืออื่นต่อไป
  • ช่วยลดข้อผิดพลาดจากรูปแบบข้อมูลที่ไม่เป็นมาตรฐาน
เข้าสู่ Alignment

WORKFLOWลำดับการใช้งานที่แนะนำ

ตัวอย่างลำดับการทำงานทั่วไป ปรับใช้ตามลักษณะงานของแต่ละห้องปฏิบัติการได้

STEP 01

หาตำแหน่ง variant

ระบุตำแหน่ง variant ที่สนใจและรวบรวมข้อมูลลำดับเบสบริเวณนั้น

เตรียมข้อมูล
STEP 02

ออกแบบ assay ผ่าน Agena CX

ออกแบบ primer ของ multiplex assay ด้วยโปรแกรม Agena CX

Agena CX
STEP 03

ตรวจ m/z และปรับ TAG

ตรวจค่ามวลของแต่ละ assay และปรับ TAG ให้พีคแยกกันชัดเจน

→ Mass Optimizer
STEP 04

Alignment และตรวจสอบ In-silico

จัดรูปแบบลำดับเบสเพื่อทำ alignment และตรวจสอบ In-silico

→ Alignment
หมายเหตุ ผลลัพธ์จากเครื่องมือเหล่านี้ใช้เป็นข้อมูลประกอบการออกแบบ ควรตรวจทานค่าสำคัญอีกครั้งก่อนสั่งสังเคราะห์ primer หรือเริ่มการทดลองจริง